Tο περιεχόμενο σπουδών του Τμήματος Μηχανικής Βιοσυστημάτων καλύπτει το πεδίο εφαρμογής αρχών από τις επιστήμες της Μηχανικής τις οποίες εφαρμόζει επικεντρωμένα για την εξυπηρέτηση βιολογικών συστημάτων, δηλαδή, στη φυτική και ζωική παραγωγή, στο νερό, στο έδαφος, στα τρόφιμα και στα απόβλητα, επιδιώκοντας και εμπεριέχοντας τις αρχές της βελτιστοποίησης, της αειφορίας και της ορθολογικής εκμετάλλευσης των φυσικών πόρων.